Bei der Vergärung von Gülle mit verschiedenen Co-Substraten resultieren Gestehungskosten für die Stromproduktion von 17 bis 27 Rappen pro kWh. Werden die Co-Substrate zu einem gewissen Anteil durch nachwachsende Rohstoffe wie Silomais ersetzt, verzeichnen beide Anlagen massive finanzielle Verluste. Aufgrund verschiedener Variantenrechnungen wird deutlich, dass der Standort der Anlage einen grossen Einfluss auf die Wirtschaftlichkeit hat. Dies ist vor allem auf die Transportkosten und die Wärmenutzung zurückzuführen.

Die Entsorgungserlöse der Co-Substrate machen vor allem bei der kleineren Anlage einen wesentlichen Anteil am Gesamterlös aus, weshalb eine ungünstige Entwicklung der Entsorgungsgebühren die Wirtschaftlichkeit schnell gefährden kann. Generell kann gefolgert werden, dass ungünstige Verhältnisse hinsichtlich Entsorgungsgebühren, Transportkosten, Wärmenutzung oder Strompreis bei kleineren Anlagen bedeutende Auswirkungen haben und die Wirtschaftlichkeit gefährden können. Grössere gemeinschaftlich betriebene Biogasanlagen dürften in einem dynamischen Umfeld bessere Zukunftschancen haben. Abgesehen von der Wirtschaftlichkeit sind weitere Restriktionen wie Zonenkonformität, allfällige Schadstoffbelastung der Co-Substrate und die betrieblichen Nährstoffbilanzen zu berücksichtigen. Letztere sind Bedingungen für landwirtschaftliche Direktzahlungen und damit indirekt von wirtschaftlich hoher Relevanz.