Durch eine Vorverlegung des Saattermins lässt sich die GPS-Ernte verfrühen. Dieser Effekt ist am stärksten ausgeprägt unter kühl-feuchten Bedingungen mit einer langsamen Abreife. Im Mittel dürfte eine Vorverlegung der GPS-Ernte um etwa fünf Tage möglich sein. Dem steht entgegen, dass bei Frühsaaten eine größere Sorgfalt bei der Unkrautkontrolle nötig ist. Ob Frühsaaten einen sinnvollen Beitrag zur Ertragssteigerung in Biogasfruchtfolgen leisten können, ist Gegenstand noch laufender Forschungsvorhaben. Das Ertragspotential der Getreidearten entspricht der Abfolge der Erntereife. So hat Wintergerste als die am frühesten räumende Getreideart einen geringeren Ertrag als Winterroggen. Bei der Sortenwahl ist auf eine gute Standfestigkeit der Sorten zu achten, insbesondere wenn hohe Gärrestgaben eingeplant werden.

Ob bei der Vergärung Krankheitserreger abgetötet werden und so Infektionsketten unterbrochen werden können, ist Gegenstand aktueller Untersuchungen. Die Ernte von GPS ist ab einem Trockensubstanzgehalt von 30 % möglich. Trockensubstanzgehalte von weniger als 28 % führen im Silo zu Sickersaftbildung und sind unbedingt zu vermeiden. Mit dem Anbau von Getreide-GPS sind auch Nachteile verbunden. Bei der GPS-Nutzung ist das Produktionsziel silierfähige Biomasse. Das Risiko von Schadverdichtungen erhöht sich bei einem höheren Wassergehalt der GPS-Ernte und somit deutlich grösseren Erntemasse. Ausserdem ist der Erntetermin gegenüber dem Drusch vorverlegt. Da im Mai und Juni aber viele Tierarten der Agrarlandschaft ihre Hauptbrut- und Aufzuchtzeit haben, besteht die Gefahr von Störungen und Verlusten.