In Deutschland wird Gülle im Zusammenhang mit nachwachsenden Rohstoffen als Exkremente, Urin und Einstreu von Nutztieren definiert. Exkremente von Heimtieren dürfen, mit Ausnahme von Pferdemist, nicht als Substrat in einer Biogasanlage zum Einsatz kommen. Bei der Verarbeitung von Gülle sind zum Schutz vor der Übertragung von Seuchenerregern besondere Vorkehrungen zu treffen. Unter anderem müssen die Biogasanlage und die Tierhaltung räumlich getrennt werden. Wird Fremdgülle in der Biogasanlage eines Betriebs mit Nutztieren verarbeitet, muss eine vollständige physische Trennung der Anlage von Tierfutter und Einstreu gewährleistet sein.

Der gewerbliche Transport von Gülle muss der Betrieb bei der zuständigen Behörde anmelden. Zur Vermeidung von Kreuzkontaminationen dürfen in einem Fahrzeug entweder nur Gülle oder nur Gärreste transportiert werden. Nur bei seuchenhygiensch unbedenklicher Gülle besteht kein Pasteurisierungszwang.