Zur Untersuchung des Stickstoffaushaltes der Schweiz wurde in dieser Studie die Methode der Stoffflussanalyse angewendet. Im Jahr 1994 wurde eine ähnliche Studie durchgeführt. Diese Studie beschreibt daher nicht nur den Zustand im Jahr 2005, sondern zieht auch wichtige Rückschlüsse auf die Entwicklung des Stickstoffhaushaltes in dieser Zeitspanne auf.

Zwischen 1994 und 2005 gingen wichtige Stickstoffflüsse zurück. Die Emissionen von Stickoxiden aus Feuerungen und Verkehr konnten fast halbiert werden. Zudem haben die Hofdüngerausbringung auf Landwirtschaftsböden, der Mineraldüngereinsatz sowie die Emissionen aus der Tierhaltung in die Atmosphäre abgenommen. Dank erfolgreicher Massnahmen bei Feuerungen und Verkehr sind die Emissionen und Depositionen rückläufig. Trotzdem spielen landwirtschaftliche Prozesse nach wie vor eine entscheidende Rolle für die umweltrelevanten Stickstoffverluste. Zum Beispiel haben einzelne relevante Stickstoffflüsse, wie der Import von Futtermitteln (v.a. Soja), in der gleichen Periode zugenommen. In Zukunft sind Veränderungen der Stickstoffflüsse zum Beispiel durch die vermehrte energetische Nutzung von Biomasse zu erwarten.

Bei etlichen Stoffflüssen sind die Unsicherheiten gross, z. B. bei den Wechselwirkungen zwischen Boden und Wasser sowie zwischen Boden und Luft. Dennoch bilden die Ergebnisse eine sachliche Grundlage für die Weiterentwicklung von Strategien und Massnahmen zur Reduktion der unerwünschten Stickstoffemissionen in die Umwelt, um die Bodenfruchtbarkeit und die Qualität aller Umweltkompartimente zu verbessern.