Wie die Resultate zeigen ist es möglich, Treibstoffe wie Bioethanol, Biomethanol, Biodiesel und Biogas auf eine umweltfreundliche Art zu produzieren. Hierfür ist es entscheidend, dass die richtigen Rohstoffe und die richtige landwirtschaftliche Anbaumethode eingesetzt werden. Die Produktion und der Transport der Treibstoffe fallen bei den Umweltauswirkungen weniger ins Gewicht, selbst wenn die Produkte aus Übersee stammen. Es hat sich jedoch gezeigt, dass bei den meisten Biotreibstoffen ein Zielkonflikt zwischen Minimierung der Treibhausgasemissionen und einer positiven ökologischen Gesamtbilanz besteht. Die meisten Herstellungsarten von Biotreibstoffen zeigen bei mehreren Umweltindikatoren (ausser bei den Treibhausgasen) eine höhere Bealastung als Benzin auf. In gemässigten Breitengraden sind teils die niedrigen Flächenerträge und teils die intensive Düngung sowie die mechanische Bodenbearbeitung für die negativen Umweltauswirkungen verantwortlich. Im Gegensatz zu den fossilen Brennstoffen, können jedoch die Auswirkungen bei den Biotreibstoffen durch gezielte Massnahmen minimiert werden.

Die Förderung von Biotreibstoffen muss im Hinblick auf steuerliche Begünstigungen differenziert erfolgen, da nicht alle Biotreibstoffe zu einer Reduktion der Umweltauswirkungen führen. Die besten Ökobilanzen zeigte die Verwertung von biogenen Abfallstoffen wie Gras und Holz.